At1g54160.1

At1g54160.1 68408.m05664 CCAAT-binding factor B subunit -related

Matching miRNAs:
miRNA nameIGR namemature miRNA sequenceTargetsRfam
1prec1109igr1201#chr3#x1=4804107#l=2637_1618-1718AGCCAAGGATGACTTGCCGG3
2prec1875igr1621#chr1#x1=6694921#l=2247_533-637GGTAGCCAAGGATGACTTGCCT3
3prec2894igr1929#chr5#x1=8503345#l=5327_1911+2017ATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGG1
4prec2908igr1929#chr5#x1=8503345#l=5327_1912+2016TGCAGCCAAGGATGACTTGCCG2
5prec3121igr2011#chr4#x1=10447721#l=2403_320-398AGCCAAGGATGACTTGCCGG3
6prec5314igr2356#chr3#x1=9872012#l=10062_1235-1364GGTAGCCAAGGATGACTTGCCT3
7prec5370igr2356#chr3#x1=9872012#l=10062_1593-1740GTAGCCAAGGATGACTTGCCTG3
8prec5396igr2356#chr3#x1=9872012#l=10062_1593-1740GTAGCCAAGGATGACTTGCCT3
9prec5466igr2356#chr3#x1=9872012#l=10062_4804-4933GGTAGCCAAGGATGACTTGCCT3
10prec5548igr2356#chr3#x1=9872012#l=10062_5150-5296TAGCCAAGGATGACTTGCCT3
11prec5614igr2356#chr3#x1=9872012#l=10062_7445-7576GGTAGCCAAGGATGACTTGCCT3
12prec5670igr2356#chr3#x1=9872012#l=10062_7799-7947GTAGCCAAGGATGACTTGCCTG3
13prec5696igr2356#chr3#x1=9872012#l=10062_7799-7947GTAGCCAAGGATGACTTGCCT3
14prec9825igr3097#chr5#x1=15478185#l=2723_662-874CAGCCAAGGATGACTTGCCG2

Gene Sequence:

agagacagag gaagagagag aaagauagug aagagaaaga aacaaccaug uucugaggaa     60 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

ggagacaugc aucaucauca ucauucauca ucaucaucau caucauaauc ucaagcuuau    120 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

uacuuaacuu cuuuuucucu ccaucucuuc uuaccaaauc caaagcacca aaguuuauug    180 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

aaguaaagau uugaagacaA UGCAAGUGUU UCAAAGGAAA GAAGAUUCAU CUUGGGGAAA    240 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

CUCAAUGCCU ACAACAAAUU CAAAUAUUCA AGGAUCUGAA UCUUUCAGCU UGACUAAGGA    300 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

UAUGAUAAUG UCUACAACAC AAUUACCCGC GAUGAAACAU UCGGGUUUGC AGCUGCAAAA    360 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

UCAAGAUUCA ACCUCAUCAC AAUCUACUGA AGAAGAAUCA GGCGGCGGUG AAGUUGCAAG    420 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

CUUUGGAGAA UAUAAGCGUU AUGGAUGCAG CAUUGUUAAU AACAAUCUCU CAGGUUACAU    480 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

CGAAAACUUG GGAAAGCCUA UUGAAAAUUA UACUAAGUCA AUUACUACCU CGUCGAUGGU    540 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

GUCUCAAGAC UCUGUGUUUC CUGCUCCUAC UUCUGGUCAA AUAUCUUGGU CUCUUCAAUG    600 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

UGCUGAAACG UCACAUUUCA AUGGUUUCUU GGCUCCUGAA UAUGCAUCAA CACCAACGGC    660 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

GCUGCCACAU UUAGAGAUGA UGGGUUUGGU UUCUUCAAGA GUGCCAUUGC CUCAUCACAU    720 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

UCAAGAGAAU GAACCAAUAU UUGUCAAUGC GAAACAGUAU CAUGCGAUUC UCCGUCGCAG    780 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

GAAGCACCGU GCUAAACUCG AAGCUCAGAA CAAACUCAUC AAAUGCCGUA AACCGUACCU    840 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

UCAUGAGUCU CGCCAUCUUC AUGCUUUAAA GAGAGCUAGA GGCUCCGGUG GACGUUUCCU    900 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

CAAUACAAAG AAGCUUCAAG AAUCAUCAAA CUCACUGUGU UCUUCUCAAA UGGCAAAUGG    960 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

ACAAAAUUUC UCUAUGAGCC CUCACGGUGG UGGAAGCGGA AUCGGGUCUA GUUCGAUCUC   1020 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

ACCGAGCUCC AAUUCAAACU GUAUCAACAU GUUCCAAAAC CCGCAGUUCA GAUUCUCAGG   1080 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

UUAUCCGUCA ACACACCAUG CCUCAGCUCU CAUGUCAGGG ACUUGAggca caugagaaga   1140 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

ccuugcuccg agagaacuca ggcuaaacuc cggagacugg ugaugauaca ugacgggaag   1200 
.......... .......... .......... .......... .......... ..********        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ...*******        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..********        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ...*******        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..********        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ...*******        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..********        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ...*******        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ...*******        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ...*******        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ...*******        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..********        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ...*******        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ...*******        prec9825

ucauccuugg cuacuuaugu uaucgguuac aaaauuucuu ccuuuuaaaa acuuugcuuu   1260 
********** **........ .......... .......... .......... ..........        prec1109
********** *****..... .......... .......... .......... ..........        prec1875
********** ******.... .......... .......... .......... ..........        prec2894
********** *****..... .......... .......... .......... ..........        prec2908
********** **........ .......... .......... .......... ..........        prec3121
********** *****..... .......... .......... .......... ..........        prec5314
********** ****...... .......... .......... .......... ..........        prec5370
********** ****...... .......... .......... .......... ..........        prec5396
********** *****..... .......... .......... .......... ..........        prec5466
********** ***....... .......... .......... .......... ..........        prec5548
********** *****..... .......... .......... .......... ..........        prec5614
********** ****...... .......... .......... .......... ..........        prec5670
********** ****...... .......... .......... .......... ..........        prec5696
********** ***....... .......... .......... .......... ..........        prec9825

cauauccucu acaaucucuc acucuauauu gagugacuug acgaacuuuc aaaucauugu   1320 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec9825

caaacuauuu uguuaacuuc cgauucucug agaguacaaa uugcauuacc c  1371 
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec1109
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec1875
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec2894
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec2908
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec3121
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec5314
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec5370
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec5396
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec5466
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec5548
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec5614
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec5670
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec5696
.......... .......... .......... .......... .......... .       prec9825