Functional Clusters Overview

Overview

This tool displays detected clusters of functionally related genes on a per chromosome basis.
Detection of these clusters is done using the CHunter tool, and can be based upon multiple types of functional annotation: GO, InterPro, MapMan, ...

Available Data

OrganismGO ExperimentsInterPro ExperimentsMapMan Experiments
Amborella trichopoda1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15Unavailable
Arabidopsis lyrata1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15 , 1617 , 18 , 19 , 20
Arabidopsis thaliana1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19 , 20
Beta vulgaris1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517
Brassica rapa1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19 , 20
Capsella rubella1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19 , 20
Carica papaya1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15Unavailable
Chlamydomonas reinhardtii1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15 , 1617 , 18 , 19 , 20
Citrullus lanatus1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15Unavailable
Citrus sinensis1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19
Cucumis melo1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15Unavailable
Eucalyptus grandis1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15 , 1617 , 18 , 19 , 20
Fragaria vesca1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15 , 16Unavailable
Glycine max1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19 , 20
Gossypium raimondii1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19 , 20
Lotus japonicus1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15Unavailable
Malus domestica1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19
Manihot esculenta1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19
Medicago truncatula1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15 , 16Unavailable
Oryza sativa ssp. japonica1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15 , 1617 , 18 , 19 , 20
Ostreococcus lucimarinus1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 913 , 14 , 15Unavailable
Physcomitrella patens1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19
Populus trichocarpa1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19 , 20
Prunus persica1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19
Ricinus communis1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19 , 20
Solanum lycopersicum1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19 , 20
Solanum tuberosum1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15 , 16Unavailable
Thellungiella parvula1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15Unavailable
Theobroma cacao1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 15Unavailable
Vitis vinifera1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19 , 20
Zea mays1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 , 7 , 8 , 9 , 10 , 11 , 1213 , 14 , 1517 , 18 , 19 , 20
Exp idData typeData filterMin genes clusterMax genes clusterMax cluster sizeMin e-valueTandems removal
1GOPrimary GO data only.230800.001X
2GOPrimary and orthology projected GO data.230800.001X
3GOAll GO data.230800.001X
4GOPrimary GO data only.101503000.001X
5GOPrimary and orthology projected GO data.101503000.001X
6GOAll GO data.101503000.001X
7GOPrimary GO data only.230800.001V
8GOPrimary and orthology projected GO data.230800.001V
9GOAll GO data.230800.001V
10GOPrimary GO data only.101503000.001V
11GOPrimary and orthology projected GO data.101503000.001V
12GOAll GO data.101503000.001V
13InterProNo filter applied.230800.001X
14InterProNo filter applied.101503000.001X
15InterProNo filter applied.230800.001V
16InterProNo filter applied.101503000.001V
17MapManNo filter applied.230800.001X
18MapManNo filter applied.101503000.001X
19MapManNo filter applied.230800.001V
20MapManNo filter applied.101503000.001V