List of type I MADS-box genes in Arabidopsis thaliana and Oryza sativa
Genes were annotated using GeneMark.hmm (Lukashin and Borodovsky, 1998) combined with manual correction based on sequence similarity with closely related genes. Hmmer (Eddy, 1996) was used to detect remote homologs. Links to MIPS annotations are added where the annotation is correct. If not, a link to protein and nucleic acid sequences is provided. For genes on BAC AF058914 there are different locus names in MIPS and TIGR. Gene family data is submitted to MAtDB and TAIR databases and will be available at time of publication of the paper. |
Class
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Gene name | Accession number BAC | Locus name | Start BAC | Stop BAC | Length | Strand | Chrom | Number of exons | ||||||||||
M | AB011483 | At5g60440 | 26829 | 28020 | 299 | + | 5 | 2 | |||||||||||
O | AB009050 | At5g55690 | 40372 | 41205 | 277 | - | 5 | 1 | |||||||||||
N | AB015468 | At5g48670 | 59946 | 60911 | 321 | - | 5 | 2 | |||||||||||
O | AGL43 | AB016885 | At5g58890 | 33758 | 34642 | 294 | + | 5 | 1 | ||||||||||
O | AGL30 | AC004138 prot/mRNA |
At2g03060 | 81852 | 83914 | 364 | + | 2 | 11 | ||||||||||
N | AC004512_1 | At1g65330 | 32543 | 33382 | 279 | - | 1 | 1 | |||||||||||
M | AC004512_2 | At1g65360 | 47399 | 48213 | 226 | + | 1 | 2 | |||||||||||
N | AC004512_3 | At1g65300 | 21003 | 21827 | 278 | + | 1 | 1 | |||||||||||
O | AC004793 | At1g31140 | 29171 | 30813 | 211 | + | 1 | 5 | |||||||||||
N | AGL41 | AC005168 | At2g26880 | 51386 | 52188 | 260 | - | 2 | 1 | ||||||||||
O | AC006551 | At1g22590 | 24033 | 24524 | 163 | + | 1 | 1 | |||||||||||
M | AC006585 | At2g24840 | 25227 | 25859 | 210 | + | 2 | 1 | |||||||||||
N | AC007184 | At2g28700 | 3732 | 4502 | 256 | - | 2 | 1 | |||||||||||
N | AC007627 | At5g27960 | 64277 | 65368 | 363 | + | 5 | 1 | |||||||||||
O | AC009243 | At1g77950 | 50294 | 52807 | 203 | + | 1 | 6 | |||||||||||
O | AC009243_2 | At1g77980 | 58477 | 60332 | 244 | - | 1 | 6 | |||||||||||
M | AC010155 | At1g28460 | 35082 | 35630 | 182 | + | 1 | 1 | |||||||||||
M | AC010155_2 | At1g28450 | 37337 | 37894 | 185 | + | 1 | 1 | |||||||||||
N | AC012393 | At3g05860 | 56275 | 57224 | 260 | - | 3 | 3 | |||||||||||
M | AC012463 | At1g47760 | 71578 | 72286 | 184 | + | 1 | 2 | |||||||||||
O | AC016529 | At1g72350 | 73282 | 73956 | 224 | - | 1 | 1 | |||||||||||
M | AC016829 | At3g04100 | 84782 | 85405 | 207 | + | 3 | 1 | |||||||||||
N | AC018721 | At2g40210 | 40137 | 42106 | 402 | - | 2 | 3 | |||||||||||
M | AC018908_2 | At1g60920 | 24777 | 25352 | 191 | - | 1 | 1 | |||||||||||
M | AC018908_1 | At1g60880 | 6660 | 7265 | 201 | + | 1 | 1 | |||||||||||
O | AC026479 | At1g17310 | 2189 | 2827 | 212 | - | 1 | 1 | |||||||||||
M | AC036106 | At3g66656 | 29784 | 30320 | 178 | - | 3 | 1 | |||||||||||
M | AGL28 | Y12776 | At1g01530 | 6766 | 7788 | 247 | - | 1 | 2 | ||||||||||
N | AF058914 | At5g26580 At5g26575 |
4471 | 5508 | 304 | - | 5 | 2 | |||||||||||
N | AF058914_2 | At5g26630 At5g26625 |
40425 | 47737 | 315 | + | 5 | 5 | |||||||||||
N | AF058914_3 | At5g26650 At5g26645 |
53688 | 54794 | 327 | + | 5 | 2 | |||||||||||
O | AGL26 | AF007270 | At5g26950 | 84574 | 85554 | 292 | - | 5 | 2 | ||||||||||
M | AGL29 | AC004077 | At2g34440 | 16781 | 17299 | 172 | + | 2 | 1 | ||||||||||
O | AGL33 | AC004484 | At2g26320 | 66595 | 68743 | 209 | - | 2 | 8 | ||||||||||
M | AGL39 | AF007271 | At5g27130 | 71901 | 75618 | 435 | + | 5 | 8 | ||||||||||
M | AGL40 | AL161589 | At4g36590 | 121429 | 123079 | 243 | - | 4 | 7 | ||||||||||
M | AL161539 | At4g14530 | 46973 | 47658 | 213 | - | 4 | 2 | |||||||||||
M | AL162875 | At5g04640 | 89521 | 90489 | 322 | + | 5 | 1 | |||||||||||
O | AC011809 prot/mRNA |
At1g18750 | 60126 | 62604 | 440 | + | 1 | 10 | |||||||||||
O | AC069252 | At1g22130 | 2812402 | 2814274 | 335 | - | 1 | 10 | |||||||||||
M | AC023673 | At1g48150 | 497767 | 498738 | 323 | + | 1 | 1 | |||||||||||
N | AC074360_2 | At1g31630 | 59951 | 60970 | 339 | - | 1 | 1 | |||||||||||
N | AC074360_1 | At1g31640 | 55322 | 56806 | 464 | - | 1 | 2 | |||||||||||
M | AB005231 | At5g38620 | 463826 | 464875 | 349 | - | 5 | 1 | |||||||||||
M | AB023034 | At5g49420 | 34638 | 36134 | 402 | - | 5 | 1 | |||||||||||
O | AC073178 | At1g31630 | 88592 | 90480 | 339 | - | 1 | 10 | |||||||||||
M | Os_AP003951_1 | 28733 | 29365 | 633 | - | 6 | |||||||||||||
M | Os_AP003951_2 | 50199 | 50771 | 572 | - | 6 | |||||||||||||
M | Os_AP003627 | 102168 | 102794 | 627 | + | 1 | |||||||||||||
M | Os_AP004093 | 72268 | 73128 | 861 | + | 2 | |||||||||||||
M | Os_Contig2417 | 5705 | 9967 | 210 | + | ||||||||||||||
M | Os_Contig4095 | 1453 | 2109 | 218 | + | ||||||||||||||
M | Os_Contig4276 | 6289 | 6921 | 210 | + | ||||||||||||||
M | Os_Contig28459 | 1540 | 2078 | 141 | - | ||||||||||||||
M | Os_Contig18609 | 465 | 1049 | 194 | + | ||||||||||||||
N | Os_AP002070_1 | 57225 | 57947 | 240 | + | 1 | |||||||||||||
N | Os_AP002070_2 | 71207 | 72127 | 306 | + | 1 | |||||||||||||
N | Os_Contig28311 | 1167 | 1580 | 138 | - | ||||||||||||||
N | Os_Contig603 | 3973 | 4776 | 267 | + | ||||||||||||||
N | Os_Contig23118 | 1479 | 1904 | 141 | + | ||||||||||||||
N | Os_Contig18573 | 850 | 1479 | 209 | + | ||||||||||||||
N | Os_Contig119850 | 52 | 667 | 205 | - | ||||||||||||||
N | Os_Contig31610 | 1805 | 2215 | 136 | - | ||||||||||||||
N | Os_Contig18149 | 1420 | 2035 | 205 | - | ||||||||||||||
O | Os_AP000616 | 39576 | 42209 | 855 | + | 6 | |||||||||||||
O | Os_AP003104 | 53129 | 54943 | 1815 | + | 1 | |||||||||||||
O | Os_AP003331_1 | 86944 | 88167 | 1224 | + | 1 | |||||||||||||
O | Os_AP003331_2 | 89653 | 90947 | 975 | + | 1 | |||||||||||||
O | Os_AP003380 | 8256 | 9365 | 1110 | - | 1 | |||||||||||||
O | Os_AP003436 | 171451 | 172890 | 1440 | - | 1 | |||||||||||||
O | Os_AP003763 | 127881 | 128597 | 279 | + | 6 | |||||||||||||
O | Os_AP003742 | 63104 | 64429 | 645 | - | 7 | |||||||||||||
O | Os_AP004322 | 4659 | 10836 | 477 | + | 6 | |||||||||||||
O | Os_AP003331_3 | 95818 | 98653 | 1188 | + | 1 | |||||||||||||
O | Os_Contig19550 | 853 | 1324 | 375 | + | ||||||||||||||
O | Os_Contig52002 | 790 | ? | ? | + | ||||||||||||||
O | Os_Contig20368 | ? | 405 | ? | - | ||||||||||||||
O | Os_Contig11428 | 5081 | ? | ? | + |
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