At3g60630.1 68410.m06267 scarecrow transcription factor family
Matching miRNAs:
miRNA name | IGR name | mature miRNA sequence | Targets | Rfam | |
---|---|---|---|---|---|
1 | prec14310 | igr4069#chr3#x1=19080185#l=1539_1255+1346 | TCTGATTGAGCCGCGCCAATATC | 3 | ath-MIR171 |
2 | prec14318 | igr4069#chr3#x1=19080185#l=1539_1255+1348 | GATTGAGCCGCGCCAATATCTC | 3 | ath-MIR171 |
3 | prec15835 | igr4835#chr1#x1=22526634#l=6090_3256-3338 | TGATTGAGCCGTGCCAATATCAC | 3 | |
4 | prec15845 | igr4835#chr1#x1=22526634#l=6090_3258-3336 | TGATTGAGCCGTGCCAATATC | 3 | |
5 | prec19459 | igr961#chr1#x1=3960414#l=2862_954-1039 | GATTGAGCCGTGCCAATATCACG | 3 | |
6 | prec19467 | igr961#chr1#x1=3960414#l=2862_955-1038 | GATTGAGCCGTGCCAATATCAC | 3 | |
7 | prec19471 | igr961#chr1#x1=3960414#l=2862_957-1036 | GATTGAGCCGTGCCAATATC | 3 |
Gene Sequence:
accgagugug agauaaugug ggcgccaauu ucaguuucaa gcuuucaucu ucgucuuccu 60 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 cuuuaaguuc ugagaucuag gguuuuucug gguuucuuug uucucacucu uaaauucucu 120 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 uucugacucu guaagauugg ucAUGCCCCU GCCCUUUGAG CAAUUUCAAG GGAAGGGGGU 180 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 UCUGGGUUUC UUAGAUUCUU CUUCUUCUCC GGGAUACAAA AUCUGGGCUA AUCCAGAGAA 240 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 GCUCCAUGGA CGAGUAGAAG AAGAUCUCUG CUUUGUUGUC AACAAUGGUG GUUUCUCGGA 300 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 GCCGACGUCU GUUUUAGACU CUGUUAGAAG UCCAAGCCCU UUCGUCUCUU CUUCAACCAC 360 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 CACGCUGUCU UCUUCUCACG GUGGUCCCAG CGGCGGCGGC GCUGCUGCUG CUACUUUUUC 420 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 CGGCGCCGAU GGGAAAUGCG ACCAAAUGGG UUUCGAGGAU CUCGAUGGUG UUCUCUCCGG 480 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 UGGCUCGCCG GGACAAGAAC AGAGUAUUUU UAGAUUAAUC AUGGCUGGCG AUGUAGUGGA 540 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 UCCGGGUUCG GAGUUUGUGG GUUUCGACAU CGGUUCUGGA UCCGACCCGG UUAUUGAUAA 600 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 UCCUAAUCCA CUCUUUGGAU AUGGCUUCCC UUUUCAAAAC GCACCGGAAG AAGAAAAGUU 660 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 UCAGAUUUCA AUAAACCCAA AUCCGGGUUU CUUCUCGGAU CCUCCGUCGU CUCCUCCUGC 720 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 GAAACGGCUC AAUUCGGGUC AACCCGGAUC UCAACACCUC CAGUGGGUUU UCCCGUUCUC 780 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 GGAUCCGGGU CACGAAUCUC ACGACCCGUU UCUCACACCG CCAAAGAUAG CCGGAGAAGA 840 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 CCAAAACGAC CAAGACCAGU CAGCGGUAAU CAUCGACCAG CUAUUCUCUG CGGCGGCGGA 900 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 GCUCACCACA AACGGCGGAG AUAACAAUCC CGUUCUCGCG CAAGGGAUAU UGGCGCGGCU 960 .......... .......... .......... .......... .....***** ********** prec14310 .......... .......... .......... .......... ...******* ********** prec14318 .......... .......... .......... .......... ...******* ********** prec15835 .......... .......... .......... .......... .....***** ********** prec15845 .......... .......... .......... .......... ..******** ********** prec19459 .......... .......... .......... .......... ...******* ********** prec19467 .......... .......... .......... .......... .....***** ********** prec19471 CAAUCACAAC CUUAACAACA ACAACGACGA CACUAACAAC AAUCCUAAAC CUCCGUUCCA 1020 ********.. .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 *****..... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 ******.... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 ******.... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 *****..... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 *****..... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 *****..... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 CAGAGCAGCU UCGUAUAUAA CAGAAGCUCU UCACUCUCUC CUUCAAGACU CAUCAUUAUC 1080 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 ACCACCGUCU CUCUCACCUC CUCAAAACCU AAUCUUUCGG AUCGCAGCUU ACAGAGCUUU 1140 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 CUCAGAAACG UCACCGUUUC UUCAAUUCGU CAACUUCACA GCAAACCAAA CGAUUCUCGA 1200 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 GUCAUUCGAA GGGUUUGAUC GGAUCCACAU UGUCGAUUUC GAUAUCGGUU AUGGAGGUCA 1260 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 AUGGGCGUCU CUGAUUCAAG AGCUCGCCGG AAAAAGAAAC AGAUCUUCAU CAGCUCCGUC 1320 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 GCUAAAGAUU ACAGCUUUCG CUUCUCCUUC AACUGUCUCC GACGAAUUCG AGCUCCGAUU 1380 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 CACUGAAGAA AAUCUCAGAA GCUUCGCCGG CGAAACAGGU GUCUCCUUCG AAAUCGAGCU 1440 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 CUUAAACAUG GAGAUUCUCU UGAAUCCAAC UUAUUGGCCA CUGUCUUUAU UCCGAUCAUC 1500 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 GGAGAAAGAA GCAAUCGCUG UGAAUCUCCC AAUCAGCUCC AUGGUCUCCG GUUACCUCCC 1560 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 AUUGAUACUU CGUUUCCUCA AGCAAAUCUC ACCAAACGUC GUCGUUUGCU CAGACAGAAG 1620 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 CUGCGACCGU AACAACGACG CGCCGUUCCC UAACGGUGUG AUUAACGCGC UUCAGUACUA 1680 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 CACAUCUCUG CUCGAGUCUC UCGACUCUGG GAAUCUGAAU AAUGCGGAAG CUGCUACGAG 1740 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 UAUUGAGAGG UUUUGUGUGC AACCGUCGAU ACAGAAACUG UUGACGAAUC GUUACCGUUG 1800 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 GAUGGAGAGA UCACCGCCGU GGAGAAGCUU AUUUGGGCAA UGUGGGUUUA CUCCUGUGAC 1860 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 GCUGAGUCAG ACGGCGGAGA CACAAGCGGA GUAUUUGUUG CAGAGGAAUC CAAUGAGAGG 1920 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 GUUUCACUUG GAGAAGAGAC AGUCUUCGUC GCCUUCACUU GUCUUGUGUU GGCAGAGGAA 1980 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 AGAACUUGUU ACUGUCUCAG CUUGGAAAUG UUAAgacgaa aaaggaggau auuuucacgg 2040 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 uuuaauuuuc uuuuuguagc uuuucaauuu ggguuagauc acguuuuaau auguuugauu 2100 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14310 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec14318 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15835 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec15845 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19459 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19467 .......... .......... .......... .......... .......... .......... prec19471 gugauguuaa ccaaucaaau gauauauaua uaaucuccuu auguu 2145 .......... .......... .......... .......... ..... prec14310 .......... .......... .......... .......... ..... prec14318 .......... .......... .......... .......... ..... prec15835 .......... .......... .......... .......... ..... prec15845 .......... .......... .......... .......... ..... prec19459 .......... .......... .......... .......... ..... prec19467 .......... .......... .......... .......... ..... prec19471