At3g60630.1

At3g60630.1 68410.m06267 scarecrow transcription factor family

Matching miRNAs:
miRNA nameIGR namemature miRNA sequenceTargetsRfam
1prec14310igr4069#chr3#x1=19080185#l=1539_1255+1346TCTGATTGAGCCGCGCCAATATC3ath-MIR171
2prec14318igr4069#chr3#x1=19080185#l=1539_1255+1348GATTGAGCCGCGCCAATATCTC3ath-MIR171
3prec15835igr4835#chr1#x1=22526634#l=6090_3256-3338TGATTGAGCCGTGCCAATATCAC3
4prec15845igr4835#chr1#x1=22526634#l=6090_3258-3336TGATTGAGCCGTGCCAATATC3
5prec19459igr961#chr1#x1=3960414#l=2862_954-1039GATTGAGCCGTGCCAATATCACG3
6prec19467igr961#chr1#x1=3960414#l=2862_955-1038GATTGAGCCGTGCCAATATCAC3
7prec19471igr961#chr1#x1=3960414#l=2862_957-1036GATTGAGCCGTGCCAATATC3

Gene Sequence:

accgagugug agauaaugug ggcgccaauu ucaguuucaa gcuuucaucu ucgucuuccu     60 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

cuuuaaguuc ugagaucuag gguuuuucug gguuucuuug uucucacucu uaaauucucu    120 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

uucugacucu guaagauugg ucAUGCCCCU GCCCUUUGAG CAAUUUCAAG GGAAGGGGGU    180 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

UCUGGGUUUC UUAGAUUCUU CUUCUUCUCC GGGAUACAAA AUCUGGGCUA AUCCAGAGAA    240 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

GCUCCAUGGA CGAGUAGAAG AAGAUCUCUG CUUUGUUGUC AACAAUGGUG GUUUCUCGGA    300 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

GCCGACGUCU GUUUUAGACU CUGUUAGAAG UCCAAGCCCU UUCGUCUCUU CUUCAACCAC    360 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

CACGCUGUCU UCUUCUCACG GUGGUCCCAG CGGCGGCGGC GCUGCUGCUG CUACUUUUUC    420 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

CGGCGCCGAU GGGAAAUGCG ACCAAAUGGG UUUCGAGGAU CUCGAUGGUG UUCUCUCCGG    480 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

UGGCUCGCCG GGACAAGAAC AGAGUAUUUU UAGAUUAAUC AUGGCUGGCG AUGUAGUGGA    540 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

UCCGGGUUCG GAGUUUGUGG GUUUCGACAU CGGUUCUGGA UCCGACCCGG UUAUUGAUAA    600 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

UCCUAAUCCA CUCUUUGGAU AUGGCUUCCC UUUUCAAAAC GCACCGGAAG AAGAAAAGUU    660 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

UCAGAUUUCA AUAAACCCAA AUCCGGGUUU CUUCUCGGAU CCUCCGUCGU CUCCUCCUGC    720 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

GAAACGGCUC AAUUCGGGUC AACCCGGAUC UCAACACCUC CAGUGGGUUU UCCCGUUCUC    780 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

GGAUCCGGGU CACGAAUCUC ACGACCCGUU UCUCACACCG CCAAAGAUAG CCGGAGAAGA    840 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

CCAAAACGAC CAAGACCAGU CAGCGGUAAU CAUCGACCAG CUAUUCUCUG CGGCGGCGGA    900 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

GCUCACCACA AACGGCGGAG AUAACAAUCC CGUUCUCGCG CAAGGGAUAU UGGCGCGGCU    960 
.......... .......... .......... .......... .....***** **********        prec14310
.......... .......... .......... .......... ...******* **********        prec14318
.......... .......... .......... .......... ...******* **********        prec15835
.......... .......... .......... .......... .....***** **********        prec15845
.......... .......... .......... .......... ..******** **********        prec19459
.......... .......... .......... .......... ...******* **********        prec19467
.......... .......... .......... .......... .....***** **********        prec19471

CAAUCACAAC CUUAACAACA ACAACGACGA CACUAACAAC AAUCCUAAAC CUCCGUUCCA   1020 
********.. .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
*****..... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
******.... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
******.... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
*****..... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
*****..... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
*****..... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

CAGAGCAGCU UCGUAUAUAA CAGAAGCUCU UCACUCUCUC CUUCAAGACU CAUCAUUAUC   1080 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

ACCACCGUCU CUCUCACCUC CUCAAAACCU AAUCUUUCGG AUCGCAGCUU ACAGAGCUUU   1140 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

CUCAGAAACG UCACCGUUUC UUCAAUUCGU CAACUUCACA GCAAACCAAA CGAUUCUCGA   1200 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

GUCAUUCGAA GGGUUUGAUC GGAUCCACAU UGUCGAUUUC GAUAUCGGUU AUGGAGGUCA   1260 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

AUGGGCGUCU CUGAUUCAAG AGCUCGCCGG AAAAAGAAAC AGAUCUUCAU CAGCUCCGUC   1320 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

GCUAAAGAUU ACAGCUUUCG CUUCUCCUUC AACUGUCUCC GACGAAUUCG AGCUCCGAUU   1380 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

CACUGAAGAA AAUCUCAGAA GCUUCGCCGG CGAAACAGGU GUCUCCUUCG AAAUCGAGCU   1440 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

CUUAAACAUG GAGAUUCUCU UGAAUCCAAC UUAUUGGCCA CUGUCUUUAU UCCGAUCAUC   1500 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

GGAGAAAGAA GCAAUCGCUG UGAAUCUCCC AAUCAGCUCC AUGGUCUCCG GUUACCUCCC   1560 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

AUUGAUACUU CGUUUCCUCA AGCAAAUCUC ACCAAACGUC GUCGUUUGCU CAGACAGAAG   1620 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

CUGCGACCGU AACAACGACG CGCCGUUCCC UAACGGUGUG AUUAACGCGC UUCAGUACUA   1680 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

CACAUCUCUG CUCGAGUCUC UCGACUCUGG GAAUCUGAAU AAUGCGGAAG CUGCUACGAG   1740 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

UAUUGAGAGG UUUUGUGUGC AACCGUCGAU ACAGAAACUG UUGACGAAUC GUUACCGUUG   1800 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

GAUGGAGAGA UCACCGCCGU GGAGAAGCUU AUUUGGGCAA UGUGGGUUUA CUCCUGUGAC   1860 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

GCUGAGUCAG ACGGCGGAGA CACAAGCGGA GUAUUUGUUG CAGAGGAAUC CAAUGAGAGG   1920 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

GUUUCACUUG GAGAAGAGAC AGUCUUCGUC GCCUUCACUU GUCUUGUGUU GGCAGAGGAA   1980 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

AGAACUUGUU ACUGUCUCAG CUUGGAAAUG UUAAgacgaa aaaggaggau auuuucacgg   2040 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

uuuaauuuuc uuuuuguagc uuuucaauuu ggguuagauc acguuuuaau auguuugauu   2100 
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14310
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec14318
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15835
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec15845
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19459
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19467
.......... .......... .......... .......... .......... ..........        prec19471

gugauguuaa ccaaucaaau gauauauaua uaaucuccuu auguu  2145 
.......... .......... .......... .......... .....       prec14310
.......... .......... .......... .......... .....       prec14318
.......... .......... .......... .......... .....       prec15835
.......... .......... .......... .......... .....       prec15845
.......... .......... .......... .......... .....       prec19459
.......... .......... .......... .......... .....       prec19467
.......... .......... .......... .......... .....       prec19471